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A working notebook of reproducible bioinformatics — genomes, structures, and data visualization.

Latest notes

From the notebook

Encoding Single-Cell RNA Expression Data for Transformer Models

逐段中英对照的技术综述：以 Geneformer、scGPT、scFoundation、scPRINT 与 UCE 为例，还原从 raw counts 到 token 与 embedding 的完整计算过程，比较信息保留、计算成本与适用场景，并给出可验证的实验设计。

From Non-Life to Life: Philosophy, Self-Organization, Information, and the Emergence of Living Systems

一篇关于生命起源的深度综述：从亚里士多德与康德，到耗散结构、自催化闭合、RNA 复制、原始细胞与人工生命，梳理 2020–2026 年的实验与理论进展，并给出可检验的生命性评价框架。

Proteomics by mass spectrometry: what is inside a raw file

A technical walkthrough of bottom-up proteomics: sample preparation, LC-MS/MS acquisition, the anatomy of vendor and open raw formats (mzML, mzMLb, imzML), reading data with…

Single-cell sequencing: from a cell to a cell state

A technical walkthrough of single-cell RNA-seq: molecular chemistry, platforms, raw file formats, barcode and UMI processing, count matrices, QC, clustering, annotation and…

Colorblind fridenly plotting in R

要在 R 中使用色盲友好的调色板，主要需要以下几个包。请务必在保存图片之前，用这些包检查过图。谢谢！

plotthis for R plotting

我注意到一个名为 “plotthis” 的新 R 包。该包可以用简单的命令生成达到发表水准的图表，大大简化了 R 的绘图流程。

ggtree for phylogenetic trees

系统发育树用于展示不同物种或基因之间的进化关系。R 中的 ggtree 包是可视化这类树的强大工具，支持自定义，也可以与其他类型的数据整合。